มหาวิทยาลัยราชภัฏสุราษฎร์ธานีได้ดำเนินการเกี่ยวกับการประกันคุณภาพการศึกษาตั้งแต่ ปีการศึกษา 2539 ตามประกาศคณะกรรมการสภามหาวิทยาลัยราชภัฏ เรื่องนโยบายและแนวทางดำเนินการประกันคุณภาพการศึกษาของมหาวิทยาลัยราชภัฏ พ.ศ. 2539 ประกาศ ณ วันที่ 23 กันยายน 2539 ซึ่งเป็นระยะเวลาก่อนที่ พระราชบัญญัติการศึกษา พ.ศ. 2542 มีผลบังคับใช้ในหมวด 6 มาตรา 47 48 49 50 และมาตรา 51 กล่าวได้ว่ากว่าจะถึงมาตรฐานและการประกันคุณภาพการศึกษาโดยที่สถาบันการศึกษา ดำเนินการจัดการประกันคุณภาพการศึกษาทั้งภายในและภายนอก รวมทั้งจัดตั้งสำนักประกันคุณภาพการศึกษา มหาวิทยาลัยราชภัฏสุราษฎร์ธานีขึ้นเพื่อดำเนินการจัดให้มีระบบการประกันคุณภาพภายในและภายนอก โดยมีระบบและกลไกในการควบคุมคุณภาพ ตรวจสอบ และประเมินคุณภาพ เพื่อเป็นหลักประกันแก่ผู้มีส่วนเกี่ยวข้องและสาธารณชนมั่นใจว่า หลักสูตร คณะ และมหาวิทยาลัยสามารถให้ผลผลิตทางการศึกษาที่มีคุณภาพ
ในปีการศึกษา 2543 ได้จัดทำรายงานการประเมินตนเอง (Self Assessment Report) ระดับ มหาวิทยาลัย และรับการประเมินคุณภาพภายใน จากคณะกรรมการประเมินคุณภาพภายในและผู้ทรงคุณวุฒิจากสำนักงานสภามหาวิทยาลัยราชภัฏและได้ดำเนินการปรับปรุงแก้ไขโดยพิจารณาจากจุดอ่อน/แนวทางแก้ไข และจุดแข็ง/แนวทางเสริม
ในปีการศึกษา 2544 เริ่มรับการประเมินหน่วยงานระดับคณะ ได้รับการประเมินคุณภาพภายในจากคณะกรรมการประเมินคุณภาพภายในของมหาวิทยาลัย และผู้ทรงคุณวุฒิจากสำนักงานสภาสถาบัน โดยประเมินผลการดำเนินงานตามรายองค์ประกอบ 9 องค์ประกอบ ที่ได้ปรับจากเกณฑ์ของสำนักงานมาตรฐาน สำนักงานสภามหาวิทยาลัย
ปีการศึกษา 2545 และ 2546 มหาวิทยาลัยได้ดำเนินการประเมินคุณภาพภายในจากคณะกรรมการประเมินคุณภาพภายใน ของมหาวิทยาลัยและทำการตรวจติดตามการดำเนินงานอย่างต่อเนื่อง โดยใช้เกณฑ์ใน 9 องค์ประกอบ 53 ตัวชี้วัด และรายงานผลการดำเนินงานเพื่อขอรับการประเมินคุณภาพภายนอกระดับอุดมศึกษา โดยใช้แนวทางตาม 8 มาตรฐาน ของสำนักงานรับรองมาตรฐานและประเมินคุณภาพการศึกษา (องค์การมหาชน)
ปีการศึกษา 2547 มหาวิทยาลัยได้ดำเนินการติดตาม ตรวจสอบ และประเมินผลงานของคณบดีและอธิการบดี ตามพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยราชภัฏ พ.ศ. 2547 หมวด 4 มาตรา 39 49 50 มาอย่างต่อเนื่องทุกปี และรับการประเมินคุณภาพภายนอกรอบแรกจาก สมศ. โดย รอบสองในปีการศึกษา 2549 และรอบสามในปีการศึกษา 2553
ปีการศึกษา 2557 มหาวิทยาลัยราชภัฎสุราษฎร์ธานี ดำเนินการการประกันคุณภาพการศึกษา โดยการประเมินคุณภาพการศึกษาภายใน 3 ระดับ ได้แก่ ระดับหลักสูตร ประกอบด้วย 6 องค์ประกอบ ระดับคณะ และสถาบัน ประกอบด้วย 5 องค์ประกอบ ตามประกาศคณะกรรมการประกันคุณภาพภายในระดับอุดมศึกษา เรื่อง หลักเกณฑ์และแนวปฏิบัติเกี่ยวกับการประกันคุณภาพภายใน ระดับอุดมศึกษา พ.ศ. 2557 และรายงานผลการประเมินให้ สกอ. ทราบ ผ่านระบบฐานข้อมูลด้านการประกันคุณภาพการศึกษา (CHE QA Online)
ในปี พ.ศ. 2560 มหาวิทยาลัย ได้ปรับโครงสร้างการแบ่งส่วนภายในมหาวิทยาลัย ตามมติของสภามหาวิทยาลัย ประกาศ ณ วันที่ 28 พฤศจิกายน 2560 ให้สำนักประกันคุณภาพการศึกษา เปลี่ยนชื่อเป็น “งานประกันคุณภาพ” ซึ่งอยู่ภายใต้กองนโยบายและแผน สำนักงานอธิการบดี
ในปี พ.ศ. 2563 มหาวิทยาลัย ได้กำหนดมาตรฐานการศึกษาของมหาวิทยาลัยราชภัฏสุราษฎร์ธานี พ.ศ. 2563 ตามประกาศมหาวิทยาลัยราชภัฏสุราษฎร์ธานี ประกาศ ณ วันที่ 25 กุมภาพันธ์ 2563 เพื่อใช้เป็นแนวทางในการประกันคุณภาพการศึกษาภายใน และมหาวิทยาลัยได้ดำเนินการติดตาม ตรวจสอบ และประเมินผลงานมหาวิทยาลัย โดยให้มีการประเมินผลงานในตำแหน่งผู้อำนวยการ ระดับสำนักและสถาบันด้วย